האקלים בקיבוץ הוא ים־תיכוני צפוני עם השפעות אגניות, ונחשב לחם במיוחד בקיץ ולגשום בחורף.
הקיץ בחולתה חם מאוד ויבש ביום, ולח בלילה. הטמפרטורות בצהריים גבוהות, לעיתים מגיעות ל־38 מעלות ואף יותר. הלילות חמים, והלחות שמקורה בקרבה לביצות החולה ולנהר הירדן מורגשת היטב.
החורף קריר וגשום, אך שלג נדיר מאוד. ישנה כמות משקעים גדולה יחסית (700–850 מ״מ בשנה), עם ימים סוערים ולפעמים ערפל סמיך בבקרים.
הטמפרטורות השנתיות נעות בין כ־5 מעלות בלילות הקרים ועד ל־40 מעלות בצהריי הקיץ.
תנודת הטמפרטורות בין יום ללילה משמעותית, במיוחד בעונות המעבר.
הלחות גבוהה רוב השנה – בקיץ היא מורגשת בעיקר בלילות ובבקרים, ובחורף היא נובעת מהגשמים ומהקרבה למקווי מים.
הרוחות מגיעות לרוב ממערב וצפון־מערב, ולעיתים בחורף – מדרום ומזרח.
בעונות המעבר ייתכנו ימי שרב מלווים באבק יבשתי.
האקלים בחולתה מאפשר גידול חקלאי עשיר, במיוחד של אורז, בננות, הדרים וירקות, הודות לאדמה הפורייה ולמשקעים השנתיים הגבוהים.