היישוב שוכן בסביבה הררית ופתוחה, בין קו פרשת המים המזרחי לבין שמורת גמלא, ומושפע גם מהקרבה היחסית לכנרת ולמדבר יהודה.
האקלים באבני איתן הוא ים־תיכוני הררי־יבשתי.
מאופיין ב:
חורף קריר וגשום
קיץ יבש, חם ביום וקריר בלילה
עונות מעבר ברורות ומעבר חד בין עונות
קריר, לעיתים קר מאוד.
טמפרטורות נעות בין 3°C בלילה ל־13°C ביום.
גשמים תכופים, ולעיתים רחוקות גם שלג קל (נדיר אך אפשרי).
תיתכן ירידת טמפרטורה מתחת לאפס בבקרים קרים במיוחד.
ערפילים ורוחות מורגשים.
עונה מתונה ונעימה.
במרץ עוד ייתכנו גשמים קלים, אך בהמשך העונה מזג האוויר מתייצב.
טווח טמפרטורות: 10–24°C
תקופה זו מאופיינת בפריחה מרהיבה, אוויר צלול וקרירות בערב.
חם אך נסבל, עם לחות נמוכה מאוד.
טמפרטורות בצהריים: 28–32°C
בלילות הטמפרטורות יורדות ל־16–20°C, מה שהופך את הלילות לנעימים מאוד.
כמעט ללא עננות או גשם.
מתאים מאוד לטיולים, חקלאות ולחיי כפר באוויר נקי.
תחילת הסתיו עוד חמה, אך לקראת אוקטובר–נובמבר מתחילה התקררות מורגשת.
גשמים ראשונים יורדים בדרך כלל בסוף אוקטובר או בנובמבר.
טמפרטורות נעות בין 12–26°C
עונת מעבר קצרה אך מורגשת.
ממוצע שנתי של 600–750 מ"מ גשם
עיקר הגשמים יורדים בין נובמבר לאפריל
החורף כולל גשמים עזים לפרקים, עם רוחות חזקות וסופות רעמים
בקיץ – יבש לחלוטין