קר מאוד. טמפרטורות נעות בין 2–12°C.
לעיתים קרובות יורד גשם, ובמהלך חורפים מסוימים גם שלג קל עד בינוני.
ייתכנו לילות עם טמפרטורות מתחת לאפס.
אביב (מרץ–מאי):
קריר ונעים. הטמפרטורות עולות בהדרגה – 7–22°C.
הגשמים נחלשים, אך עדיין ייתכנו ימי גשם באפריל.
קיץ (יוני–אוגוסט):
חם אך לא קיצוני. הטמפרטורות נעות בין 18–30°C.
הלילות קרירים – במיוחד ביולי-אוגוסט.
כמעט אין גשם, והאוויר יבש מאוד.
סתיו (ספטמבר–נובמבר):
מתון ונעים. תחילת הסתיו חמה יחסית, אך עד נובמבר מורגשת התקררות משמעותית.
גשמים ראשונים יורדים לרוב באוקטובר.
ממוצע הגשמים השנתי ביונתן גבוה יחסית – כ־800–900 מ"מ בשנה.
עיקר המשקעים יורד בין נובמבר למרץ.
סופות רעמים וממטרים כבדים נפוצים בעונת החורף.
שלג יורד מדי שנה או שנתיים, בעיקר בינואר–פברואר.
לעיתים נערם ל־5–15 ס"מ, ובמקרים מסוימים אף יותר.
השלג נשאר על הקרקע בין כמה שעות לכמה ימים – תלוי בעוצמה.
רוחות חזקות נפוצות בעיקר בעונות המעבר ובחורף.
הרוחות הן בעיקר מצפון וממערב, ומגיעות לעיתים בעוצמות גבוהות.
הקיץ יבש עם לחות נמוכה, ולכן גם בימים חמים – האקלים נעים.
עשרות רבות של ימי שמש בשנה, בעיקר בקיץ.
האקלים ביונתן הררי קריר וגשום בחורף, עם שלגים עונתיים.
הקיץ יבש, חמים ביום וקריר בלילה – נעים מאוד למגורים.
יונתן נהנית מאקלים מגוון ועשיר, עם הבדלי עונות חדים וברורים.