המיקום שלו באזור מישורי־מרכזי, בין השפלה למישור החוף, מקנה לו אקלים ים־תיכוני אופייני – קיץ חם ולח, חורף מתון וגשום, ועונות מעבר קצרות.
בקיץ, נצר סרני מרגיש את מלוא החום והלחות של אזור המרכז.
הטמפרטורות נעות סביב 30–33 מעלות, אבל מה שבאמת מקשה הוא הלחות הגבוהה, שיכולה להגיע גם ל־80%.
הלילות חמים (23–26°C) ולא ממש מספקים הקלה, גם אם נושבת בריזה קלה בשעות הערב.
בימים חמים במיוחד יש תחושת עומס חום כבדה – זהו אחד המאפיינים הבולטים של הקיץ כאן.
החורף בנצר סרני נעים, גשום אך לא קיצוני.
הטמפרטורות נעות בין 10 ל־18 מעלות ביום, ובין 6 ל־10 בלילה.
כמות המשקעים הממוצעת עומדת על כ־550–600 מ"מ בשנה.
הגשמים נוטים להגיע בגלים – כמה ימים גשומים, ואז הפוגה שמשית.
לא יורד שלג, אבל לעיתים יש ברד או רוחות חזקות.
האביב והסתיו קצרים, אך נעימים.
במהלך האביב (מרץ–מאי), יש התחממות הדרגתית ולעיתים ימי שרב יבשים.
בסתיו (אוקטובר–נובמבר), הטמפרטורות יורדות באטיות, והגשם הראשון מגיע לרוב בנובמבר.
תנודות הטמפרטורה בין יום ללילה פחות קיצוניות כאן מאשר באזורים הרריים, אך עדיין מורגשות.